特莱斯男爵和莱昂诺尔夫人死后，特莱斯家族已经是实力大降，根本无力控制法庭。
而卡洛斯侯爵在警告之后，也变得老老实实。
但若昂一世想要控制西班牙除了西班牙的摄政大臣之外，最大的阻力是教廷。
教廷完全凌驾于王权之上，可以任意罢黜国王。
葡萄牙第四位国王，桑乔二世就因为穷兵黩武，被里斯本主教上书告到了罗马教廷，教皇正式宣布废除桑乔二世的葡萄牙国王的头衔，由其弟弟法国的博罗尼亚伯爵阿方索继位。
而桑乔二世的老爹，胖子阿丰索二世更是因为挪用葡萄牙教会的财产而被教皇洪诺留三世处以绝罚。
教会的权利之大可见一斑。
“什么？你说做国王的还要听和尚头子的话？”朱桂大为惊奇。
“不，教皇是基督之代表，梵蒂冈城国元首及上帝之众仆人之仆人，最高教宗。”若昂一世解释道。
“那还不是一个念经的，难道他会请神？”朱桂不屑道。
“你，你竟然如此无礼！难道不怕上帝的惩罚吗！”亨利瞪着双眼。
“不怕啊，我又不信他。”朱桂两手一摊。
亨利气急，但偏偏一时间想不出反驳的话。
“这个，教廷已经很久没出现神迹了。”若昂一世说道。
如今的教廷之内权利斗争越演越烈
。神权已经显现出衰弱之相。
但这是君权与神权争斗上百年的结果。
自公元392年，罗马皇帝狄奥多西一世，宣布取缔所有异教，奉基督教为国教以来，罗马教会便一直活跃在欧洲的中心，即便西罗马帝国行将灭亡，罗马教廷也保持着它的生命力。
匈人军队在意大利北部的波河停止了攻势，阿提拉接见了教皇利奥一世，并承诺退兵。而之后在法兰克人的帮助下，教会权威得到了极大地加强，凌驾于王权之上，并借此奠定了教皇国的基础。
在克吕尼改革后，教廷的权威得到加强。亨利四世在城堡外的冰天雪地中站立三天才换来教皇的宽恕，而之后持续数百年的权利争夺中，教权与君权也始终位于此消彼长的平衡中，并且教会的权威在十三世纪达到顶峰。
法兰西国王腓力四世，是一位雄才大略的君主，他在位期间致力于打击贵族，腓力四世决定向神职人员征税，而此举则严重侵犯了教皇的利益。
教皇号召神圣罗马帝国诸侯对香槟发动进攻，但却被腓力四世率兵击退，教皇不得不让步，允许教士不必经教皇同意即可自愿纳税。
之后，各国君主互相角逐，用度浩繁，纷纷不经教皇同意而擅自向神职人员徵税。
四年后，法国朗格多
克地区的一名主教被控叛逆，由国王法院判决有罪，腓力四世就要求教皇免掉他的教职。腓力的行为严重违反了教会法——只有教皇才能审判主教。因此这就成为了冲突的导火索，而这次冲突，将成为教皇权威衰落的转折点。
而此时教皇已经换成了卜尼法斯八世，决意与法王决裂。他发布敕令，不但申明那名主教只能在罗马受审，甚至还取消了以前在财政上的让步，并谴责腓力四世在对待教会的问题上犯下的许多罪行。
腓力四世当众烧毁了这条命令。申明国王只服从上帝，教皇不得干涉法国的任何内政。同时禁止财富出境，并驱逐外国商人，切断教廷财政来源。
卜尼法斯震怒，决定开除法王教籍，并警告说："我的前任们一共罢黜过3任法国国王。你要知道，一旦事态必要，我们会把你贬为马夫的。"
腓力四世更狠，他派出一只精干的雇佣军悄悄潜入了罗马城。在意大利的反教皇势力帮助下攻入了教皇的宫殿，将卜尼法斯八世拘捕，并大加凌辱。
尽管卜尼法斯最终逃回了罗马，但他已经权威扫地，最终在数十天后忧愤死去。
这场冲突，以卜尼法斯的身死告终，也标志着罗马教廷凌驾于世俗君主之上的时代已经告终。
接下来腓
力四世支持他的朋友波尔多大主教为教皇，也就是克雷芒五世。
克雷芒五世将教廷迁往意法边境的阿维尼翁。他在位期间对法王十分尊敬，不仅同意法国国王有权向教会和神职人员征税，还宣布解散拥有大量财产的圣殿骑士团。
之后的七十余年，阿维尼翁教廷更换了数位教皇，但无一例外都是法国人，并且都在法王的干涉下进行。
这段时间的罗马教宗，则被称为“阿维尼翁之囚”。
而也正是因为罗马城内教皇的空缺，教廷力量的衰弱，使得意大利的文艺复兴开始萌芽，并随之带来了欧洲的苏醒。
1370年，格列高利十一世当选为教皇后，将教廷从阿维尼翁迁回罗马。
但一年之后，格里高利就病故了。
由于担心新任教皇又把教廷迁走，罗马发生了暴动，暴民们在教堂外游行示威，扬言不选出一名意大利裔教皇就决不罢休。此时还有大量枢机主教留在阿维尼翁没到罗马。
乌尔班六世借此成为了教皇，也就是如今的教皇。
而阿维尼翁方面，则选举了瑞士人克雷芒七