任内史令。
元文都最初的想法是，假借李密之手，消灭宇文化及，同时又能消耗李密的军事实力，达到一箭双雕的效果。他的这个构想，果然奏效了。宇文化及败亡了，而李密也因此元气大伤。所以，元文都开始有些飘飘然了，根据《资治通鉴》的记载，元文都终日置酒庆祝，好不快哉：
元文都喜于和解，谓天下可定，于上东门置酒作乐，自段达已下皆起舞。
问题是，元文都痛快了，有人却不痛快了，谁不痛快呢？自然是与文臣对立的武将，这其中的代表，当然是长期与李密作战的军事统帅——王世充。王世充此时对元文都非常不满，同时，他的狼子野心也在不断显露。
王世充前文提过，原本是江都通守，负责在江南一带镇压农民起义。后来，因为李密围攻洛阳，东都告急，隋炀帝不得不派遣他率领五万江淮兵，驰援东都洛阳。王世充到了洛阳后，便一直与李密作战，皇泰主也十分倚重他。
不过，王世充在与李密作战的过程中，经常是胜少败多。尤其是洛口一战，主力损失殆尽，败得一塌涂地。但是，皇泰主并未追究其战败之责。毕竟洛阳城中，王世充是为数不多的会领兵打仗的武将。
皇泰主即位之初，分封“七贵”，王世充位列“七贵”之首，官拜纳言，封郑国公。王世充不是等闲之辈，他的心中也是有着称霸天下的野心。他看到隋朝大势已去，便生出了取代隋室之心。打败瓦岗军，能够让王世充扬名立万，为取代隋朝统治，定鼎东都洛阳赢得足够的分量。
可是，元文都提出与李密联盟，却给王世充兜头泼了一盆冷水。皇泰主与李密结盟，不仅让李密身居多个军政要职，又允许李密入朝辅政。王世充和李密，那可是生死劲敌。一旦李密入朝辅政，还会有王世充的立足之地吗？因此，王世充恨透了元文都，他经常对起居侍郎崔长文抱怨道：“朝廷官爵，乃以与贼，其志欲何为邪！”
王世充不满元文都，同样，元文都也猜忌王世充。王世充领兵多年，手握兵权，元文都时常担心他心怀异志。自从宇文化及兵逼洛阳之后，元文都的这种担心更重了，他怀疑王世充与宇文化及相互勾结，颠覆洛阳局势。正因如此，两个人的关系变得非常紧张，只不过没有当众撕破脸，还保留着面子上的一丝客气。
瓦岗军兵临城下，大战一触即发。可是，洛阳朝堂之上，将相失和，互相猜忌。这已经为摇摇欲坠的东都局势，蒙上了一层阴影。然而，更大的危机，还在后面。一场血雨腥风，刀光剑影，即将席卷东都洛阳。
无论如何，王世充也要阻止李密入朝辅政。如何阻止李密入朝辅政呢？半路截杀，那样只会显得王世充太蠢了，也太过露骨。阻止李密入朝辅政，只有让他无法进入洛阳。因此，王世充决定在洛阳城掀起一番腥风血雨，掌控洛阳政局，除掉元文都等对立派，由自己说了算。到时候，李密一见洛阳局势突变，肯定会知难而退，自行返回瓦岗军。那样，他只能和自己在洛阳城下决战。
可是，元文都毕竟官拜内史令，是堂堂的当朝宰相，除掉他可不是轻而易举的事情。王世充不是一般人，他当初能将三万义军全部坑杀，足见其心狠手辣。因此，除掉元文都，王世充当然不会采取正常手段，他要采取一种非正常手段，解决问题。王世充想到了一个迅捷的方式：兵变！
洛阳与李密化敌为友，不仅是王世充不满，几乎所有的武将，都大为不满。于是，王世充便利用武将的不满情绪，在军队中大肆煽风点火。王世充撺掇自己麾下的不少将领，对他们说：
文都之辈，刀笔吏耳，吾观其势，必为李密所擒。且吾军人每与密战，杀其父兄子弟，前后已多，一旦为之下，吾属无类矣！(《旧唐书·王世充传》)
王世充的意思是，元文都这群人，纯粹就是刀笔吏，肯定不是李密的对手。更何况，咱们和李密打了这么多的仗，他们有多少父兄子弟，是死在李密手上。一旦李密进了洛阳城，还能有咱们好果子吃吗？
武将本来就对元文都颇有微词，加上王世充在军中素有威望，经过他的撺掇，武将个个群情激奋，对元文都恨之入骨。
元文都得知了王世充的密谋，便与卢楚商量，决定先下手为强。元文都、卢楚商议，假传皇泰主的旨意，征召王世充入朝，事先埋伏好甲士，将其杀死。然而，消息却意外走漏了。他们手下的将领段达，心怀二心，让自己的女婿张志，将元文都、卢楚的计划，偷偷告诉给了王世充。
一看元文都要对自己下手了，王世充决定立即行动。当天夜里，王世充率军包围了皇宫，夜袭含嘉门。王世充攻打皇宫，元文都才察觉到大事不妙，马上护送皇泰主前往乾阳殿躲避，陈兵自卫。同时，又命令诸将关闭城门，抵抗王世充。但是，负责把守宫门的各个将领，不是被王世充打败，就是弃城而逃。
宫门防线等于是完全被王世充突破了，不过，元文都还想做最后一搏。他想要亲自率军从玄武门进入，绕到王世充背后，出其不意地攻打敌军。可是，驻守玄武门的长秋监段瑜，谎称找不到钥匙，就是不给元文都开门。这个时候，元文都、卢楚真的是大势